meta data stránky
  •  

Rozdíly

Zde můžete vidět rozdíly mezi vybranou verzí a aktuální verzí dané stránky.

Odkaz na výstup diff

Obě strany předchozí revizePředchozí verze
Následující verze		Předchozí verze
computing:cluster:software:start [2022/02/03 12:41] – [Ansys] Jan Pechcomputing:cluster:software:start [2024/07/17 16:23] (aktuální) – [Ansys] Jan Pech
Řádek 4: Řádek 4:
 ====== Software na clusteru Kraken ====== ====== Software na clusteru Kraken ======
 Komerční programy (Ansys, Comsol,...) jsou přístupné ze systému, viz Dokumentace níže. Volně dostupné softwarové balíky, zejm. kompilátory, jsou instalovány i v různých verzích do modulů ([[https://lmod.readthedocs.io/en/latest/|Lmod]]). Komerční programy (Ansys, Comsol,...) jsou přístupné ze systému, viz Dokumentace níže. Volně dostupné softwarové balíky, zejm. kompilátory, jsou instalovány i v různých verzích do modulů ([[https://lmod.readthedocs.io/en/latest/|Lmod]]).
-Kromě instalací ze zdrojového kódu je užívána bohatá databáze systému [[https://spack.readthedocs.io/en/latest/package_list.html| spack]]. Požadavky na instalaci volně dostupného software vyřizuje [[jpech@it.cas.cz|Jan Pech]], 2 6605 3132.+Kromě instalací ze zdrojového kódu je užívána bohatá databáze systému [[https://spack.readthedocs.io/en/latest/package_list.html| spack]]. Požadavky na instalaci volně dostupného software, správu modulů a frontového systému vyřizuje [[jpech@it.cas.cz|Jan Pech]], 2 6605 3132.
  
 **Úlohy spouštíme výhradně přes [[computing:cluster:fronty:start|systém front SLURM]].** **Úlohy spouštíme výhradně přes [[computing:cluster:fronty:start|systém front SLURM]].**
Řádek 10: Řádek 10:
 \\ \\
 ====== Moduly prostředí ====== ====== Moduly prostředí ======
-Základní postupy práce s moduly clusteru je popsána na stránce: [[computing:cluster:software:moduly|moduly]]. Moduly využijete k volbě programu (openfoam, paraview,...), viz seznam níže, ale také k nastavení prostředí (verze kompilátoru, mpi, ...) pro kompilaci vlastních kódů.+Základní postupy práce s moduly clusteru jsou popsány na stránce: [[computing:cluster:software:moduly|moduly]]. Moduly využijete k volání programů (openfoam, paraview, lammps...), viz seznam níže, ale také k nastavení prostředí (kompilátor, mpi, ...) pro kompilaci vlastních kódů.
  
-Moduly jsou značeny ve tvaru //jméno/verze[-verze_kompilátoru]// a rozděleny do 2 sekcí dle architektury, pro kterou jsou optimalizované+Moduly jsou značeny ve tvaru //jméno/verze[-verze_kompilátoru]// a rozděleny do 3 sekcí dle architektury, pro kterou jsou optimalizované
   * //broadwell// univerzální   * //broadwell// univerzální
   * //zen2//, stroje kraken-m7,...,kraken-m9   * //zen2//, stroje kraken-m7,...,kraken-m9
 +  * //zen4//, stroj kraken-m10 (na stroji m10 je operační systém Ubuntu 22.04)
  
 linux-centos7-broadwell linux-centos7-broadwell
Řádek 30: Řádek 31:
    mpich/3.4.2-11.2.0         py-scipy/1.7.1-11.2.0    mpich/3.4.2-11.2.0         py-scipy/1.7.1-11.2.0
  
 +linux-ubuntu22.04-zen4
 +   boost/1.57.0-12.3.0    boost/1.83.0-12.3.0    fftw/3.3.10-12.3.0    metis/5.1.0-12.3.0      python/3.10.12-12.3.0    tinyxml/2.6.2-12.3.0
 +   boost/1.76.0-12.3.0    cmake/3.27.4           gcc/12.3.0            openmpi/4.0.7-12.3.0    scotch/7.0.3-12.3.0      zlib/1.3-12.3.0
  
 Sekce //free_modulefiles// obsahuje programy se speciálně vytvořenými moduly (vše kompilováno pro architekturu broadwell) Sekce //free_modulefiles// obsahuje programy se speciálně vytvořenými moduly (vše kompilováno pro architekturu broadwell)
Řádek 40: Řádek 44:
 \\ \\
 ==== Ansys ==== ==== Ansys ====
-**[[https://www.ansys.com/|ANSYS]]** je aktuálně dostupný ve verzích +**[[https://www.ansys.com/|ANSYS]]** je aktuálně dostupný ve verzi **2024 R1**
-**2021 R1**, **2020 R1**, **2019 R3**, **19.0** a **17.2** +
  
 Vstupní (journal) soubor výpočtu lze připravit buď lokálně a na cluster přenést, nebo ho vytvořit přímo na administrátorském uzlu "kraken" přes vzdáleně spuštěné grafické rozhraní Ansysu, tj. workbench. Samotný výpočet je pak nutné zařadit do [[computing:cluster:fronty:ansys|fronty]]. Vstupní (journal) soubor výpočtu lze připravit buď lokálně a na cluster přenést, nebo ho vytvořit přímo na administrátorském uzlu "kraken" přes vzdáleně spuštěné grafické rozhraní Ansysu, tj. workbench. Samotný výpočet je pak nutné zařadit do [[computing:cluster:fronty:ansys|fronty]].
- 
-**Uživatelé Ansysu si po prvním přihlášení na cluster musí pod vlastním účtem nastavit nezaheslované SSH:** 
-  - přihlaste se na cluster ``ssh uzivatel@kraken`` 
-  - příkazem ``ssh-keygen`` si vytvořte klíče pro ssh a ! nezadávejte žádné heslo 
-  - tyto klíče nakopírujte na všechny nody pomocí ssh-copy-id např. takto: 
- 
-  for i in {1..9}; do ssh-copy-id $USER@kraken-m$i; done 
- 
-Pokud toto neuděláte, program se ve frontě spustí, ale nic nedělá. V logu objevíte výpis 
-  Host key verification failed. 
-  Error: It seems ssh is trying to verify authenticity of kraken-m.. Please resolve it and try again! 
  
 **Podrobnější informace** naleznete na stránkách: **Podrobnější informace** naleznete na stránkách:
Řádek 66: Řádek 57:
 ==== BDDCML ==== ==== BDDCML ====
 {{:computing:cluster:manualy:manual_bddcml-1.3.pdf|Manual}} {{:computing:cluster:manualy:manual_bddcml-1.3.pdf|Manual}}
 +
 +\\
 +==== COMSOL ====
 +Comsol je aktálně nainstalovaný ve verzi 5.5. Po přihlášení na cluster (ssh s aktivovaným grafickým rozhraním) lze z příkazové řádky spustit příkazem ''comsol''.
 +Spuštění úlohy ve frontovém systému je popsáno na stránce: [[computing:cluster:fronty:comsol|fronty / Comsol]]
 +
 \\ \\
 ==== DL_POLY ==== ==== DL_POLY ====
 {{:computing:cluster:manualy:dl_usrman4.05.pdf|User Manual}} {{:computing:cluster:manualy:dl_usrman4.05.pdf|User Manual}}
 {{:computing:cluster:manualy:dl_javagui.pdf|Graphical User Interface}} {{:computing:cluster:manualy:dl_javagui.pdf|Graphical User Interface}}
 +
 +\\
 +==== LAMMPS ====
 +Program je aktuálně nainstalovaný se součástmi:
 +//diffraction, dipole, extra-dump, extra-fix, extra-pair, fep, kspace, manybody, meam, misc, molecule, phonon, replica, rigid//
 +
 +v modulech:
 +  * ''lammps/20230802-10.3.0'' (univerzální)
 +  * ''lammps/20230802-11.2.0'' (optimalizace pro architekturu zen2, tj. uzly kraken-m[7-9]).
 +
 \\ \\
 ==== Matlab ==== ==== Matlab ====
-na všech uzlech clusteru je nainstalován **[[https://www.mathworks.com/products/matlab.html|Matlab]]** ve verzi **R2018a**.+Na všech uzlech clusteru je dostupný **[[https://www.mathworks.com/products/matlab.html|Matlab]]** ve verzi **R2022b**. 
 + 
 +Zadání úlohy do fronty je popsáno na stránce [[computing:cluster:fronty:matlab|fronty / Matlab]].
  
-Matlab spustíte jednoduše příkazem matlab.+Na administrativním uzlu Matlab spustíte jednoduše příkazem //matlab//.
  
  [[http://shelob/matlab/|online stav licencí]]; login: matlab; heslo: 1dohens  [[http://shelob/matlab/|online stav licencí]]; login: matlab; heslo: 1dohens
Řádek 89: Řádek 98:
   - Presuňte se do složky: ''cd $HOME/MyOpenFOAMFolder''   - Presuňte se do složky: ''cd $HOME/MyOpenFOAMFolder''
   - Vytvořte si skript ''uloha.sh'' pro zadání úlohy do fronty, viz [[computing:cluster:fronty:openfoam|SLURM skript pro OPENFoam]]   - Vytvořte si skript ''uloha.sh'' pro zadání úlohy do fronty, viz [[computing:cluster:fronty:openfoam|SLURM skript pro OPENFoam]]
-  - Zadejte [lohu do fronty: ''sbatch uloha.sh''+  - Zadejte úlohu do fronty: ''sbatch uloha.sh''
  
 {{:computing:cluster:manualy:of_userguide.pdf|User Guide}} {{:computing:cluster:manualy:of_programmersguide.pdf|Programmer's Guide}}  {{:computing:cluster:manualy:of_userguide.pdf|User Guide}} {{:computing:cluster:manualy:of_programmersguide.pdf|Programmer's Guide}} 
- 
- 
-Níže najdete dokumenty k některým programům, specifika jejich spouštění v systému front najdete [[computing:cluster:fronty:|zde]]. 
  
  
 \\ \\
- 
 ==== ParaView ==== ==== ParaView ====
 {{:computing:cluster:manualy:paraviewmanual.v4.2.pdf|Manual}} {{:computing:cluster:manualy:paraviewmanual.v4.2.pdf|Manual}}
 +
 \\ \\
- 
- 
 ==== ParMETIS ==== ==== ParMETIS ====
 {{:computing:cluster:manualy:parmetis_manual.pdf|Manual}} {{:computing:cluster:manualy:parmetis_manual.pdf|Manual}}