meta data stránky
Rozdíly
Zde můžete vidět rozdíly mezi vybranou verzí a aktuální verzí dané stránky.
| Obě strany předchozí revizePředchozí verzeNásledující verze | Předchozí verze | ||
| computing:cluster_kraken:navody:start [2021/12/10 23:34] – [Frontový systém SLURM (probíhá aktualizace)] Jan Pech | computing:cluster_kraken:navody:start [2022/02/03 08:07] (aktuální) – odstraněno Jan Pech | ||
|---|---|---|---|
| Řádek 1: | Řádek 1: | ||
| - | ~~NOTOC~~ | ||
| - | [[computing: | ||
| - | [[computing: | ||
| - | |||
| - | ====== Návody ====== | ||
| - | |||
| - | Na této stránce najdete návody pro práci se serverem kraken. Dozvíte se | ||
| - | |||
| - | * jak se k serveru přihlásit, | ||
| - | * jak přenést soubory mezi serverem a vaším počítačem | ||
| - | |||
| - | Prostředí modulů, frontového systému a spouštění vybraných programů jsou pod odkazy | ||
| - | * [[computing: | ||
| - | * [[computing: | ||
| - | * jak připravit skript úlohy | ||
| - | * pro vlastní program nebo program dostupný v modulu | ||
| - | * [[computing: | ||
| - | * [[computing: | ||
| - | * [[computing: | ||
| - | * [[computing: | ||
| - | |||
| - | ===== Přihlášení k serveru ===== | ||
| - | Se zavedením systému front (SLURM) **dochází ke změně způsobu přihlašování**, | ||
| - | |||
| - | Výpočetní část clusteru je rozdělena do dvou bloků, dle použitých procesorů (část "Low Core" **není** přístupná všem uživatelům): | ||
| - | === Low Core === | ||
| - | kraken-L1 - kraken-L4 | ||
| - | |||
| - | === MultiCore === | ||
| - | kraken-M1 - kraken-M9 | ||
| - | |||
| - | \\ | ||
| - | ---- | ||
| - | |||
| - | Pro komunikaci se serverem kraken se používá protokol SSH. | ||
| - | Na svém počítači musíte mít nainstalovaný program (SSH klient), umožňující komunikaci v tomto protokolu. | ||
| - | |||
| - | === Linux === | ||
| - | |||
| - | V Linuxu je obvykle SSH klient součástí instalace. | ||
| - | Přihlášení k serveru provedeme v xterminálu pomocí příkazu: | ||
| - | |||
| - | ssh -Y uživatel@kraken | ||
| - | /,Parametr -Y můžete vynechat, pokud nepotřebujete přesměrování grafiky,/ | ||
| - | |||
| - | **Stále je funkční také přihlašování k jednotlivým výpočetním uzlům, např. | ||
| - | |||
| - | |||
| - | === Windows === | ||
| - | |||
| - | Ve Windows není SSH klient součástí systému, proto je třeba použít samostatný program. | ||
| - | Doporučené je použít programy: | ||
| - | * {{: | ||
| - | |||
| - | * {{: | ||
| - | |||
| - | Pro spouštění grafických aplikací je nutné mít nainstalovaný X server. | ||
| - | * {{: | ||
| - | * pro Windows Vista, 7, 8.1 -- < | ||
| - | * pro Windows XP -- <wrap download> | ||
| - | |||
| - | <wrap info> | ||
| - | * [[: | ||
| - | * [[: | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ===== Přenos souborů ===== | ||
| - | |||
| - | Pro pohodlný přenos souborů mezi počítačem a serverem lze použít některý z následujících programů: | ||
| - | |||
| - | * {{: | ||
| - | * {{: | ||
| - | * {{: | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ===== Frontový systém SLURM (probíhá aktualizace) ===== | ||
| - | |||
| - | Frontový systém pomáhá optimálnímu využití prostředků clusteru, přináší řadu nástrojů pro spouštění a správu běhu úloh i jejich paralelizaci. Správa front a úloh v nich je možná jedině na administratovním uzlu " | ||
| - | |||
| - | Nejběžnějšími příkazy jsou: | ||
| - | sinfo | ||
| - | //vypíše přehled front a jejich aktuální využití// | ||
| - | |||
| - | srun < | ||
| - | // | ||
| - | sbatch < | ||
| - | //zadání úlohy do fronty dle připraveného skriptu, viz příklady níže. Součástí skriptu bývá řádka s příkazem " | ||
| - | squeue | ||
| - | //vypíše přehled běžících úloh, vč. čísla úlohy ve frontě, uživatelského pojmenování, | ||
| - | scancel < | ||
| - | //ukončí úlohu < | ||
| - | |||
| - | Na clusteru Kraken je k dispozici 6 front rozdělených dle délky běhu úlohy (express, short, long) a části clusteru: | ||
| - | ^ name | ||
| - | | Mexpress | ||
| - | | Mshort | ||
| - | | Mlong | ::: | 2 weeks | | ||
| - | | Lexpress | ||
| - | | Lshort | ||
| - | | Llong | ::: | 2 weeks | | ||
| - | |||
| - | Parametry pro //srun// resp. skript pro //sbatch// | ||
| - | ^ option | ||
| - | | -J, --job-name=< | ||
| - | | --mail-type=< | ||
| - | | -n, --ntasks=< | ||
| - | | -N, --nodes=< | ||
| - | | --ntasks-per-node=< | ||
| - | | -o, --output=< | ||
| - | | -p, --partition=< | ||
| - | | -w, --nodelist=< | ||
| - | | -x, --exclude={< | ||
| - | |||
| - | == Příklad: skript pro sbatch == | ||
| - | Všechny volby vypíšeme jako jeden příkaz //srun// | ||
| - | srun -n 8 -N 2 HelloWorld | ||
| - | nebo připravíme soubor pro //sbatch//, např. muj_test_front.sh: | ||
| - | |||
| - | #!/bin/bash | ||
| - | #SBATCH --job-name=test | ||
| - | #SBATCH --output=output.txt | ||
| - | # | ||
| - | #SBATCH -n 7 | ||
| - | #SBATCH -N 3 | ||
| - | #SBATCH -p Mexpress | ||
| - | #SBATCH --mail-type=ALL | ||
| - | #SBATCH --mail-user=uzivatel@it.cas.cz | ||
| - | module load HelloWorld | ||
| - | cd ~/ | ||
| - | srun HelloWorld | ||
| - | |||
| - | Předání úlohy systému: | ||
| - | sbatch muj_test_front.sh | ||
| - | |||
| - | == Fluent (Ansys) == | ||
| - | Základní skript pro spuštění 2D úlohy v aplikaci Fluent (verze 2020 R1) ve frontě přes příkaz sbatch: | ||
| - | #!/bin/bash | ||
| - | | ||
| - | #SBATCH --job-name=fluent_test | ||
| - | #SBATCH --output=slurm-%j.out | ||
| - | | ||
| - | #SBATCH --partition=Mexpress | ||
| - | #SBATCH --exclude=kraken-m[7-9] | ||
| - | #SBATCH --ntasks=4 | ||
| - | | ||
| - | FLUENTNODES=" | ||
| - | FLUENTNODES=$(echo $FLUENTNODES | tr ' ' ',' | ||
| - | | ||
| - | / | ||
| - | |||
| - | Vzhledem k nastavení licencí pro ANSYS není doporučeno úlohy dělit mezi více uzlů. Výpočetní uzly mají vzhledem k zakoupeným licencím dostatečný počet jader, rozdělení úlohy mezi více uzlů tak způsobí jen zpomalení výpočtu. | ||
| - | |||
| - | **Aktuálně nelze kvůli speciálním požadavkům ANSYSu na nastavení SSH spouštět ANSYS přes fronty na strojích kraken-m7, | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ==== OpenFOAM ==== | ||