meta data stránky
  •  
Error loading plugin include
ParseError: syntax error, unexpected 'include' (T_INCLUDE), expecting identifier (T_STRING) or '{'
More info is available in the error log.

Rozdíly

Zde můžete vidět rozdíly mezi vybranou verzí a aktuální verzí dané stránky.

Odkaz na výstup diff

Obě strany předchozí revizePředchozí verze
Následující verze		Předchozí verze
computing:cluster_kraken:software:start [2021/12/11 00:00] – [Software na clusteru Kraken] Jan Pechcomputing:cluster_kraken:software:start [2022/02/03 10:30] (aktuální) – odstraněno Jan Pech
Řádek 1: Řádek 1:
-~~NOTOC~~ 
- 
-[[computing:cluster_kraken:start|{{:up1.png?direct|}}]] 
-[[computing:cluster_kraken:start|Cluster KRAKEN]] 
- 
-====== Software na clusteru Kraken ====== 
-Softwarové balíky jsou instalovány do [[computing:cluster_kraken:software:moduly|modulů]]. Požadavky na instalaci volně dostupného software směřujte na [[jpech@it.cas.cz|Jan Pech]]. Kromě instalací ze zdrojového kódu, je užívána bohatá databáze systému [[https://spack.readthedocs.io/en/latest/package_list.html| spack]]. 
- 
-===== Modules ===== 
-Systém modulů umožňuje výběr různých verzí softwarových balíků. Do modulů je umístěn především nekomerční software, kompilátory, mpi knihovny, openfoam, cmake, atd. Komerční programy, např. Ansys, Comsol, Abaqus, Matlab, .. jsou dostupné bez načtení modulu. Softwarové balíky dostupné přímo ze systému, bez použití modulů, mohou být poměrně zastaralé. 
- 
- 
-Použití: 
-  module avail 
-//(zkráceně "ml av") zobrazí dostupné moduly. Výpis je ve tvaru module_name/version-compiler_version. Výpis je rozdělen do několika sekcí, sekce ozn. "zen2" uvádí moduly optimalizované pro nejnovější architekturu (jen) na strojích kraken-m7,..., kraken-m9. Pro stroje kraken-l1,...-l4 a kraken-m1,...,-m6 je doporučeno užití modulů ze sekce "broadwell", ty fungují i na strojích m7-m9.// 
-  module load <module_name> 
-//(zkráceně "ml <module_name>") aktivuje daný modul. Lze načíst i několik modulů zároveň, ml <module_name1> <module_name2> ... . Není třeba zadávat jméno vč. verze, v takovém případě se načte verze default, označená ve výpisu "ml av" jako (D).// 
-  module list 
-//vypíše načtené moduly// 
-  module unload <module_name> 
-//deaktivuje daný modul// 
-  module purge 
-//deaktivuje všechny načtené moduly// 
-  man module 
-//nápověda příkazu module// 
- 
-Příkazy ovládání modulů mohou být i součástí spouštěcích skriptů pro frontový systém Slurm. 
- 
-Více o modulech zjistíte zde:[[http://modules.sourceforge.net/]] 
- 
----- 
- 
-PŘÍKLAD: 
-Po přihlášení ke clusteru je ze systému dostupný kompilátor gcc, ten je ale ve starší verzi 4.8.5: 
- 
-  gcc --version 
- 
-cesta ke gcc směřuje v systémy na /usr/bin/gcc: 
- 
-  which gcc 
-   
-z výpisu 
- 
-  module avail 
-   
-ale vidíme, že je k dispozici hned několik novějších verzí gcc v modulech 
- 
-{{:computing:cluster_kraken:software:modules_ml_av_gcc.jpg?600|}} 
- 
-z nich verze 10.3.0 je označena (D). Příkazem 
-  ml gcc 
-(ekviv. "module load gcc") načteme právě defaultní verzi. Z výpisu 
-  gcc --version 
-nyní vidíme verzi 10.3.0 a i cesta v systému je přepsaná 
-  which gcc 
-Výchozího stavu dosáhneme příkazem 
-  module purge 
-Návrat ke staré systémové verzi gcc opět snadno ověříme příkazy 
-  gcc --version 
-a 
-  which gcc 
-   
----- 
- 
-===== Matlab ===== 
-na všech uzlech clusteru je nainstalován **[[https://www.mathworks.com/products/matlab.html|Matlab]]** ve verzi **R2018a**. 
- 
-Matlab spustíte jednoduše příkazem matlab. 
- 
- [[http://shelob/matlab/|online stav licencí]]; login: matlab; heslo: 1dohens 
- 
-===== Ansys ===== 
-Na všech uzlech clusteru je nainstalován software **[[https://www.ansys.com/|Ansys]]**, v současné době ve verzi **2020 R1** 
- 
-Současně jsou nainstalovány starší verze **2019 R1**, **19.0** a **17.2** 
- 
-Podrobnější informace o [[computing:ansys:start|ANSYSu na samostatné stránce]]. 
- 
-[[http://shelob.it.cas.cz/ansys/|online stav licencí]]; login: ansys; heslo: 1dohens 
- 
-===== Open Foam ===== 
-Na uzlech M1 - M6 je nainstalován **[[https://openfoam.org/|OpenFOAM]] 5.0 ** 
- 
-OpenFOAM je nainstalován v systému DOCKER, takže je nutné aby uživatel OpenFOAMu byl členem skupiny **docker**. 
- 
-=== Postup spouštění OpenFOAM: === 
-  - **Vytvořte složku pro OpenFOAM:** ''mkdir -p $HOME/OpenFOAM/${USER}-5.0'' 
-  - **Presuňte se do složky:** ''cd $HOME/OpenFOAM/${USER}-5.0'' 
-  - **Spusťte OpenFOAM:** ''openfoam5-linux -x'' 
-  - **Vytvořte pracovní složku:** ''mkdir -p $FOAM_RUN'' 
-  - **a přesuňte se do ní:** ''cd $FOAM_RUN'' 
- 
-Zde už můžete používat OpenFOAM 
- 
-===== Kompilátor Intel Fortran v. 18.0.2 ===== 
- 
-Spouští se příkazem ''ifort''. 
- 
-===== Kompilátor Intel C++ v. 18.0.2 ===== 
- 
-Spouští se příkazem ''icc'' nebo ''icpc''. 
- 
-===== Kompilátor GNU C v. 4.8.5 ===== 
- 
-Spouští se příkazem ''gcc''.