[[computing:cluster:start|{{:up1.png?direct|}}]]
[[computing:cluster:start|Cluster Kraken]]

====== Software na clusteru Kraken ======
Komerční programy (Ansys, Comsol,...) jsou přístupné ze systému, viz Dokumentace níže. Volně dostupné softwarové balíky, zejm. kompilátory, jsou instalovány i v různých verzích do modulů ([[https://lmod.readthedocs.io/en/latest/|Lmod]]).
Kromě instalací ze zdrojového kódu je užívána bohatá databáze systému [[https://spack.readthedocs.io/en/latest/package_list.html| spack]]. Požadavky na instalaci volně dostupného software, správu modulů a frontového systému vyřizuje [[jpech@it.cas.cz|Jan Pech]], 2 6605 3132.

**Úlohy spouštíme výhradně přes [[computing:cluster:fronty:start|systém front SLURM]].**
\\
\\
====== Moduly prostředí ======
Základní postupy práce s moduly clusteru jsou popsány na stránce: [[computing:cluster:software:moduly|moduly]]. Moduly využijete k volání programů (openfoam, paraview, lammps...), viz seznam níže, ale také k nastavení prostředí (kompilátor, mpi, ...) pro kompilaci vlastních kódů.

Moduly jsou značeny ve tvaru //jméno/verze[-verze_kompilátoru]// a rozděleny do 3 sekcí dle architektury, pro kterou jsou optimalizované
  * //broadwell// univerzální
  * //zen2//, stroje kraken-m7,...,kraken-m9
  * //zen4//, stroj kraken-m10 (na stroji m10 je operační systém Ubuntu 22.04)

linux-centos7-broadwell
   boost/1.59.0-5.5.0     gcc/10.3.0                      openmpi/4.0.5-5.5.0
   boost/1.76.0-10.3.0    intel-mpi/2019.10.317-18.0.2    openmpi/4.0.5-10.3.0
   cmake/3.20.6           mesa/21.2.1-10.3.0              paraview/5.9.0-10.3.0 
   emacs/27.1             metis/5.1.0-10.3.0              python/3.8.9-10.3.0
   ffmpeg/4.3.2-10.3.0    mpich/3.4.1-5.5.0               qt/5.15.2-10.3.0
   gcc/5.5.0              mpich/3.4.1-10.3.0              scotch/6.0.10-5.5.0
   gcc/7.5.0              nektar/5.0.0-5.5.0              zlib/1.2.11-5.5.0

linux-centos7-zen2
   boost/1.77.0-11.2.0        openmpi/4.1.1-11.2.0          py-six/1.15.0-11.2.0
   gcc/11.2.0                 py-numpy/1.21.2-11.2.0        python/3.8.11-11.2.0
   mpich/3.4.2-11.2.0         py-scipy/1.7.1-11.2.0

linux-ubuntu22.04-zen4
   boost/1.57.0-12.3.0    boost/1.83.0-12.3.0    fftw/3.3.10-12.3.0    metis/5.1.0-12.3.0      python/3.10.12-12.3.0    tinyxml/2.6.2-12.3.0
   boost/1.76.0-12.3.0    cmake/3.27.4           gcc/12.3.0            openmpi/4.0.7-12.3.0    scotch/7.0.3-12.3.0      zlib/1.3-12.3.0

Sekce //free_modulefiles// obsahuje programy se speciálně vytvořenými moduly (vše kompilováno pro architekturu broadwell)
   foam-extend/4.0-5.5.0        openfoam-org/8-10.3.0        solids4foam/4.0
   foam-extend/4.1-7.5.0        openfoam/2012-10.3.0         solids4foam/4.1 
   openfoam-org/6-10.3.0        paraview/5.6.0
\\
\\
====== Dokumentace ======
\\
==== Ansys ====
**[[https://www.ansys.com/|ANSYS]]** je aktuálně dostupný ve verzi **2024 R1**

Vstupní (journal) soubor výpočtu lze připravit buď lokálně a na cluster přenést, nebo ho vytvořit přímo na administrátorském uzlu "kraken" přes vzdáleně spuštěné grafické rozhraní Ansysu, tj. workbench. Samotný výpočet je pak nutné zařadit do [[computing:cluster:fronty:ansys|fronty]].

**Podrobnější informace** naleznete na stránkách:
  * [[computing:cluster:software:ansys|Ansys - přehled pro cluster Kraken]]
  * [[computing:cluster:fronty:ansys|spuštění Ansys (Fluent) ve frontě SLURM]]
  * [[http://shelob.it.cas.cz/ansys/|online stav licencí]]; login: ansys; heslo: 1dohens


\\
==== BDDCML ====
{{:computing:cluster:manualy:manual_bddcml-1.3.pdf|Manual}}

\\
==== COMSOL ====
Comsol je aktálně nainstalovaný ve verzi 5.5. Po přihlášení na cluster (ssh s aktivovaným grafickým rozhraním) lze z příkazové řádky spustit příkazem ''comsol''.
Spuštění úlohy ve frontovém systému je popsáno na stránce: [[computing:cluster:fronty:comsol|fronty / Comsol]]

\\
==== DL_POLY ====
{{:computing:cluster:manualy:dl_usrman4.05.pdf|User Manual}}
{{:computing:cluster:manualy:dl_javagui.pdf|Graphical User Interface}}

\\
==== LAMMPS ====
Program je aktuálně nainstalovaný se součástmi:
//diffraction, dipole, extra-dump, extra-fix, extra-pair, fep, kspace, manybody, meam, misc, molecule, phonon, replica, rigid//

v modulech:
  * ''lammps/20230802-10.3.0'' (univerzální)
  * ''lammps/20230802-11.2.0'' (optimalizace pro architekturu zen2, tj. uzly kraken-m[7-9]).

\\
==== Matlab ====
Na všech uzlech clusteru je dostupný **[[https://www.mathworks.com/products/matlab.html|Matlab]]** ve verzi **R2022b**.

Zadání úlohy do fronty je popsáno na stránce [[computing:cluster:fronty:matlab|fronty / Matlab]].

Na administrativním uzlu Matlab spustíte jednoduše příkazem //matlab//.

 [[http://shelob/matlab/|online stav licencí]]; login: matlab; heslo: 1dohens



\\
==== Open Foam ====
OpenFOAM je dostupný v několika verzích v [[computing:cluster:software:moduly|modulech]].


** Postup spouštění OpenFOAM: **
  - Vytvořte si složku pro OpenFOAM: ''mkdir -p $HOME/MyOpenFOAMFolder''
  - Presuňte se do složky: ''cd $HOME/MyOpenFOAMFolder''
  - Vytvořte si skript ''uloha.sh'' pro zadání úlohy do fronty, viz [[computing:cluster:fronty:openfoam|SLURM skript pro OPENFoam]]
  - Zadejte úlohu do fronty: ''sbatch uloha.sh''

{{:computing:cluster:manualy:of_userguide.pdf|User Guide}} {{:computing:cluster:manualy:of_programmersguide.pdf|Programmer's Guide}} 


\\
==== ParaView ====
{{:computing:cluster:manualy:paraviewmanual.v4.2.pdf|Manual}}

\\
==== ParMETIS ====
{{:computing:cluster:manualy:parmetis_manual.pdf|Manual}}