Software na clusteru Kraken

Softwarové balíky jsou instalovány do modulů (viz níže). Požadavky na instalaci software směřujte na jpech@it.cas.cz. K instalaci je primárně využíván systém spack, v jehož databázi je několik tisíc položek spack list.

Systém modulů umožňuje výběr různých verzí softwarových balíků. Do modulů je umístěn především nekomerční software, kompilátory, mpi knihovny, openfoam, cmake, atd. Komerční programy, např. Ansys, Comsol, Abaqus, Matlab, .. jsou dostupné bez načtení modulu. Softwarové balíky dostupné přímo ze systému, bez použití modulů, mohou být poměrně zastaralé.

Použití:

module avail

(zkráceně „ml av“) zobrazí dostupné moduly. Výpis je ve tvaru module_name/version-compiler_version. Výpis je rozdělen do několika sekcí, sekce ozn. „zen2“ uvádí moduly optimalizované pro nejnovější architekturu (jen) na strojích kraken-m7,…, kraken-m9. Pro stroje kraken-l1,…-l4 a kraken-m1,…,-m6 je doporučeno užití modulů ze sekce „broadwell“, ty fungují i na strojích m7-m9.

module load <module_name>

(zkráceně „ml <module_name>“) aktivuje daný modul. Lze načíst i několik modulů zároveň, ml <module_name1> <module_name2> … . Není třeba zadávat jméno vč. verze, v takovém případě se načte verze default, označená ve výpisu „ml av“ jako (D).

module list

vypíše načtené moduly

module unload <module_name>

deaktivuje daný modul

module purge

deaktivuje všechny načtené moduly

man module

nápověda příkazu module

Příkazy ovládání modulů mohou být i součástí spouštěcích skriptů pro frontový systém Slurm.

Více o modulech zjistíte zde:http://modules.sourceforge.net/

PŘÍKLAD: Po přihlášení ke clusteru je ze systému dostupný kompilátor gcc, ten je ale ve starší verzi 4.8.5:

gcc --version

cesta ke gcc směřuje v systémy na /usr/bin/gcc:

which gcc

z výpisu

module avail

ale vidíme, že je k dispozici hned několik novějších verzí gcc v modulech

z nich verze 10.3.0 je označena (D). Příkazem

ml gcc

(ekviv. „module load gcc“) načteme právě defaultní verzi. Z výpisu

gcc --version

nyní vidíme verzi 10.3.0 a i cesta v systému je přepsaná

which gcc

Výchozího stavu dosáhneme příkazem

module purge

Návrat ke staré systémové verzi gcc opět snadno ověříme příkazy

gcc --version

a

which gcc

—-

na všech uzlech clusteru je nainstalován Matlab ve verzi R2018a.

Matlab spustíte jednoduše příkazem matlab.

online stav licencí; login: matlab; heslo: 1dohens

Na všech uzlech clusteru je nainstalován software Ansys, v současné době ve verzi 2020 R1

Současně jsou nainstalovány starší verze 2019 R1, 19.0 a 17.2

Podrobnější informace o ANSYSu na samostatné stránce.

online stav licencí; login: ansys; heslo: 1dohens

Na uzlech M1 - M6 je nainstalován OpenFOAM 5.0

OpenFOAM je nainstalován v systému DOCKER, takže je nutné aby uživatel OpenFOAMu byl členem skupiny docker.

1. Vytvořte složku pro OpenFOAM: mkdir -p $HOME/OpenFOAM/${USER}-5.0
2. Presuňte se do složky: cd $HOME/OpenFOAM/${USER}-5.0
3. Spusťte OpenFOAM: openfoam5-linux -x
4. Vytvořte pracovní složku: mkdir -p $FOAM_RUN
5. a přesuňte se do ní: cd $FOAM_RUN

Zde už můžete používat OpenFOAM

Spouští se příkazem ifort.

Spouští se příkazem icc nebo icpc.

Spouští se příkazem gcc.