meta data stránky
  •  
Překlady této stránky:
Writing /var/www/docs/data/log/error/2026-06-29.log failed
Error loading plugin include
ParseError: syntax error, unexpected 'include' (T_INCLUDE), expecting identifier (T_STRING) or '{'

Toto je starší verze dokumentu!

Writing /var/www/docs/data/log/deprecated/2026-06-29.log failed

Cluster KRAKEN

Software na clusteru Kraken

Volně dostupné softwarové balíky jsou instalovány do modulů, požadavky na instalaci volně dostupného software směřujte na Jan Pech. Kromě instalací ze zdrojového kódu, je užívána bohatá databáze systému spack.

Balíky dostupné v modulech

Moduly jsou značeny ve tvaru jméno/verze[-verze_kompilátoru] a rozděleny do 2 sekcí dle architektury, pro kterou jsou optimalizované (broadwell nebo zen2)

linux-centos7-broadwell 

 boost/1.59.0-5.5.0     gcc/10.3.0                      openmpi/4.0.5-5.5.0
 boost/1.76.0-10.3.0    intel-mpi/2019.10.317-18.0.2    openmpi/4.0.5-10.3.0
 cmake/3.20.6           mesa/21.2.1-10.3.0              paraview/5.9.0-10.3.0 
 emacs/27.1             metis/5.1.0-10.3.0              python/3.8.9-10.3.0
 ffmpeg/4.3.2-10.3.0    mpich/3.4.1-5.5.0               qt/5.15.2-10.3.0
 gcc/5.5.0              mpich/3.4.1-10.3.0              scotch/6.0.10-5.5.0
 gcc/7.5.0              nektar/5.0.0-5.5.0              zlib/1.2.11-5.5.0

linux-centos7-zen2 

 boost/1.77.0-11.2.0        openmpi/4.1.1-11.2.0          py-six/1.15.0-11.2.0
 gcc/11.2.0                 py-numpy/1.21.2-11.2.0        python/3.8.11-11.2.0
 mpich/3.4.2-11.2.0         py-scipy/1.7.1-11.2.0

Sekce free_modulefiles obsahuje programy se speciálně vytvořenými moduly 

 foam-extend/4.0-5.5.0        openfoam-org/8-10.3.0        solids4foam/4.0
 foam-extend/4.1-7.5.0        openfoam/2012-10.3.0         solids4foam/4.1 
 openfoam-org/6-10.3.0        paraview/5.6.0

Matlab

na všech uzlech clusteru je nainstalován Matlab ve verzi R2018a.

Matlab spustíte jednoduše příkazem matlab.

online stav licencí; login: matlab; heslo: 1dohens

Ansys

Na všech uzlech clusteru je nainstalován software Ansys, v současné době ve verzi 2020 R1

Současně jsou nainstalovány starší verze 2019 R1, 19.0 a 17.2

Podrobnější informace o ANSYSu na samostatné stránce.

online stav licencí; login: ansys; heslo: 1dohens

Open Foam

Na uzlech M1 - M6 je nainstalován OpenFOAM 5.0

OpenFOAM je nainstalován v systému DOCKER, takže je nutné aby uživatel OpenFOAMu byl členem skupiny docker.

Postup spouštění OpenFOAM:

  1. Vytvořte složku pro OpenFOAM: mkdir -p $HOME/OpenFOAM/${USER}-5.0
  2. Presuňte se do složky: cd $HOME/OpenFOAM/${USER}-5.0
  3. Spusťte OpenFOAM: openfoam5-linux -x
  4. Vytvořte pracovní složku: mkdir -p $FOAM_RUN
  5. a přesuňte se do ní: cd $FOAM_RUN

Zde už můžete používat OpenFOAM

Kompilátor Intel Fortran v. 18.0.2

Spouští se příkazem ifort.

Kompilátor Intel C++ v. 18.0.2

Spouští se příkazem icc nebo icpc.

Kompilátor GNU C v. 4.8.5

Spouští se příkazem gcc.